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Questo studio espande il Database AlphaFold includendo 1,8 milioni di complessi proteici ad alta affidabilità derivati da oltre 31 milioni di previsioni su 4.777 proteomi, fornendo così una risorsa fondamentale per lo studio delle interazioni proteiche e della scoperta funzionale su scala proteomica.
Questo studio presenta un metodo pratico e biocompatibile per sintetizzare in laboratorio tensioattivi fluorurati a base di perfluoropolietere (PFPE) tramite accoppiamento diretto, superando le limitazioni delle sintesi commerciali e permettendo l'adattamento di questi materiali a diverse applicazioni di microfluidica biologica come lo screening genomico e la cristallizzazione proteica.
Gli autori hanno sviluppato la versione 2 del metodo tRNA array, migliorando l'attività traduzionale attraverso modifiche sequenziali e l'introduzione di una sequenza leader, permettendo così la sintesi simultanea in vitro di 21 tRNA con un'efficienza paragonabile a quella ottenuta con tRNA preparati singolarmente.
Gli autori hanno sviluppato un sistema di protocellule in grado di muoversi in modo direzionale e generare estensioni di membrana controllando otticamente la polimerizzazione dell'actina all'interno di vescicole lipidiche, dimostrando che sia le reti di actina ramificate che quelle lineari sono essenziali per questa motilità.
Questo studio dimostra che l'attenuazione transitoria della contrattilità cellulare riprogramma le cellule epiteliali in uno stato guidato da protrusioni, attivando una riprogrammazione dei segnali ERK e un rimodellamento meccanico che fluidificano i tessuti epiteliali confluenti.
Gli autori hanno ingegnerizzato le fibre curli di *E. coli* Nissle 1917, integrandole con un antagonista del recettore TLR2, per trasformare queste strutture amiloidi naturalmente infiammatorie in un modulo programmabile capace di inibire selettivamente le risposte immunitarie innate e attenuare l'infiammazione nelle cellule umane.
Questo studio combina l'automazione acustica e l'apprendimento attivo per ottimizzare la composizione del sistema PURE, identificando formulazioni che migliorano fino a tre volte la resa proteica e rivelando come le condizioni ottimali dipendano dalla concentrazione del DNA e dal contesto genico specifico.
Questo studio dimostra che l'impiego di una strategia di controllo metabolico dinamico a due stadi in *E. coli* ingegnerizzato, combinando valvole competitive e regolatorie per ottimizzare il flusso di NADPH, ha permesso di raggiungere una resa teorica del 92% nella produzione di etilenglicole da xilosio, ottenendo 140 g/L in 70 ore in bioreattori in modalità fed-batch.
Gli autori dimostrano che l'utilizzo di un introne endogeno come innesco per una guida RNA condizionale (intcgRNA) permette di controllare con precisione l'attività di Cas9/CRISPR, garantendo l'editing genico solo nelle cellule che esprimono il gene target e riducendo così gli effetti off-target nelle applicazioni in vivo.
Il documento presenta CombinGym, una piattaforma di benchmark che colma il divario nella progettazione di varianti proteiche combinatorie offrendo dataset curati, valutando nove algoritmi di machine learning e dimostrando, attraverso simulazioni e validazioni sperimentali, come i dati di mutazioni di ordine inferiore possano potenziare la previsione delle proprietà di mutanti di ordine superiore.
Questo studio presenta l'ingegnerizzazione sistematica di promotori batterici combinatori in *Escherichia coli* che funzionano come interruttori logici AND a due ingressi, identificando nove architetture robuste e stabilendo regole di progettazione basate sulla soppressione degli stati parzialmente indotti e sulla gestione delle dipendenze dal contesto genetico.
Questo studio dimostra che l'attività della fenilalanina ammoniaca-liasi (AvPAL*) in *Lacticaseibacillus rhamnosus* GG, un potenziale biofarmaco per la fenilchetonuria, è limitata dal trasporto del substrato attraverso la membrana cellulare, ma può essere potenziata fino a 3-4 volte mediante l'espressione di trasportatori eterologhi.
Il documento presenta il Framework Cepeda, un programma di ricerca preclinica modulare e sicuro, validato computazionalmente attraverso 21.000 cicli di simulazione, progettato per testare ipotesi di ringiovanimento parziale coordinato su tutti e 12 i marchi dell'invecchiamento definiti da López-Otín nel 2023, utilizzando un'architettura a nove livelli di sicurezza e un rapporto stecchiometrico 3:2:1 dei fattori di riprogrammazione OSK.
Questo studio caratterizza per la prima volta in *Zymomonas mobilis* un set di sette promotori inducibili chimicamente, identificando in particolare le coppie VanRAM-PvanCC e CinRAM-Pcin come strumenti promettenti e compatibili con il framework di clonazione Golden Gate per l'ingegneria metabolica di questo batterio.
Questo studio dimostra che è possibile realizzare l'apprendimento fisico in batteri ingegnerizzati implementando una regola di apprendimento locale geneticamente codificata che permette a popolazioni di *Escherichia coli* di adattarsi e risolvere compiti computazionali complessi, come un gioco del tris e una porta logica XOR, modificando dinamicamente i pesi sinaptici biologici in risposta a segnali globali.
Questo studio multi-laboratorio dimostra che i gusci dei microcompartimenti batterici, utilizzando il sistema di coniugazione covalente SpyCatcher-SpyTag, costituiscono una piattaforma modulare, scalabile e versatile per l'incapsulamento, la stabilizzazione e la cooperazione funzionale di enzimi multipli, mantenendo la loro attività catalitica e migliorando la stabilità termica e di conservazione.
Questo studio presenta una piattaforma integrata in *Cupriavidus necator* che combina ingegneria genetica, ottimizzazione del bioprocess e funzionalizzazione molecolare per produrre nanoparticelle di PHA personalizzabili, sostenibili e adatte ad applicazioni avanzate come il rilascio di farmaci e il biosensing.
Questo studio dimostra che l'efficienza di editing CRISPR-Cas9 è fortemente dipendente dal contesto specifico di ciascuna specie, rivelando nuovi fattori predittivi come la competizione per la gRNA e le proprietà geometriche locali, mentre i risultati di riparazione rimangono conservati, sottolineando la necessità di abbandonare i modelli universali a favore di approcci più generalizzabili.
Gli autori hanno ritirato il manoscritto perché non è stato possibile confermare la bioattività dei peptidi isolati, che risultavano contaminati da antibiotici co-purificati durante il processo di produzione.
Questo studio presenta un toolkit di vettori plasmidici standardizzato e ottimizzato che semplifica l'implementazione del metodo mSwAP-In per la scrittura genomica iterativa e su larga scala in cellule staminali di mammifero, superando le limitazioni tecniche precedenti.